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nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram
使用说明：
列线图用的R包rms；
$Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/nomogram_multi_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s seed] [-o outdir] [-p prefix] cox regression analysis gene expression optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i data, --data data input data file path[required] -t time, --time time set suvival time column name [required] -e event, --event event set event column name must 0 or 1 code format [required] -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...] variate for cox analysis [required] -P predict.time [predict.time ...], --predict.time predict.time [predict.time ...] Time point to draw the ROC curve [default 365 1095 1825] -c cut.score, --cut.score cut.score set cut score value to divide high and low risk groups [default median] -s seed, --seed seed set random seed [default 2021] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -p prefix, --prefix prefix out file name prefix [default cox]
使用举例:
Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -i nomogram_metadata.tsv -e EVENT -t TIME \ -v riskScore ajcc_pathologic_stage -o multicox.nomogram\ -p multicox -P 365 710 1095
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