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geo_download.r GEO数据下载
使用方法:
$Rscript /share/work/huangls/piplines/云搜网/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -h usage: /share/work/huangls/piplines/云搜网/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r [-h] -g gse [-f func] [-p palette] [-G gpl] [-s Gene Symbol] [-x] [--log2] [-o outdir] [-H height] [-W width] download GEO data ; https://www.云搜网.com/article/1492 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -g gse, --gse gse GEO Series Accession [required] -f func, --func func dup gene name expression select func: mean max median [default max] -p palette, --palette palette A palette name from RColorbrewer [default Accent] -G gpl, --gpl gpl GPL file for annotation [default None] -s Gene Symbol, --symbol Gene Symbol Gene Symbol column name [default Gene Symbol] -x, --no.xaxis not show x axis sample name [default False] --log2 whether do log2 normalize [optional, default: False] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default /share/nas1/huangls/pro ject/zx-20210914-383-gwas_cfdr/gene_exp] -H height, --height height the height of pic inches [default 8] -W width, --width width the width of pic inches [default 10]
使用举例：
Rscript /share/work/huangls/piplines/云搜网/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE7429 Rscript /share/work/huangls/piplines/云搜网/tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE43488 -G GPL13667-15572.txt
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