这篇文章主要介绍“怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据”的相关知识，小编通过实际案例向大家展示操作过程，操作方法简单快捷，实用性强，希望这篇“怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据”文章能帮助大家解决问题。
代码：
# 筛选primary_site对应的癌症样本 library(GenomicDataCommons) resp = cases() %>% filter(~ project.project_id=='TCGA-HNSC' & primary_site =='Larynx') %>% GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>% response_all() resp %>% count() case_name <- resp$results$submitter_id # 之后对下载的samplesDown 进行过滤,获得需要下载的sample_download download_name = substr(samplesDown,1,12) sample_download <- samplesDown[download_name %in% case_name]
有了sample_download ，就可以采用TCGAbiolinks进行下载了。
把要下载的数据筛选出来之后重新得到query，添加barcode选项指定下载想要的数据：
query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = data_type, workflow.type = workflow_type, barcode = sample_download, # sample.type = sample_type, legacy = legacy)
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