如何使用CD-HIT合并pacbio转录本

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CD-HIT合并pacbio转录本

Pacbio三代全长转录组采用isoseq3 进行了转录本的筛选，聚类和校正之后得到高质量的转录本序列，可以对序列再进行一定的合并操作。

采用cDNA_Cupcaake 文档中提供的cd-hit方案，运行命令如下：

cd-hit-est -i <input> -o <output> -c 0.99 -T 6 -G 0 -aL 0.90 -AL 100 -aS 0.99 -AS 30

参数说明：

input: 是pacbio 的isoseq 3 输出的高质量转录本序列文件

output: 输出的合并序列文件

-c : 序列相似性，99%的相似性

-T ： 线程数，6个线程

-G： 采用的比对策略，默认是1，采用全局比对。这地方设置为0，将采用局部比对策略。

-aL: 长序列的覆盖度，设置为90%

-AL: 长序列覆盖区域的长度，设置为最小100bp

-aS: 短序列的覆盖度，设置为99%

-AS: 短序列覆盖区域的最小长度，设置为30bp

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