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TCGAbiolinks错误Error in value[[3L]](cond)怎么解决

本篇内容介绍了“TCGAbiolinks错误Error in value[[3L]](cond)怎么解决”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

在采用TCGAbiolinks 下载TCGA数据时,有时候会出现“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的错误。

这个错误一般不会出现,除非GDC的网站有问题,检测方法有两种:

1.  在R中运行如下命令:

> GenomicDataCommons::status()

Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : 
  SSL certificate problem: Invalid certificate chain

从返回的信息看,是由于GDC网站的证书有问题。

2. 直接访问GDC的API站点,查看状态信息

遇到这样的问题,只能采用GDC的页面和数据下载工具 进行数据下载。

解决方案:

安装最新版本的TCGAbiolinks 即可:

# 先安装devtools包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

“TCGAbiolinks错误Error in value[[3L]](cond)怎么解决”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注云搜网网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!

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