小编给大家分享一下vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！
vcftools去除或保留vcf文件中的样品
vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为 –indv 和 –remove-indv ，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。
具体用法如下：
只保留1和10号两个样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1 --indv 10 > out.vcf
删除1号样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf
如果样品较多，也可将样品保存到文件 id.txt 中，每行为一个样品ID，格式如下：
1 105
然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。
–keep <filename> 保留样品
–remove <filename> 删除样品
代码如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
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