如何使用fastp软件对fastq文件进行剪切

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使用fastp软件对fastq文件进行剪切

fastp是一款较新的数据质控软件，可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。

其命令如下:

fastp –in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz –out1 Tres_2_1.clean.fq.gz –in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz –out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  –trim_front1  15  –trim_front2 15  –correction –thread 8

参数：

–in1    read1输入文件

–out1    read1剪切后输出文件

–in2    read2输入文件

–out2    read2剪切后输出文件

–trim_front1    对read1的头部剪切

–trim_front2    对read2的头部剪切

–trim_tail1    对read1的尾部剪切

–trim_tail2    对read2的尾部剪切

–thread    设置线程数

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