小编给大家分享一下bedtools如何批量提取基因组指定位置序列，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！
用到软件是bedtools，具体方法如下：
Usage: bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf> Options: -fi Input FASTA file -bed BED/GFF/VCF file of ranges to extract from -fi -name Use the name field for the FASTA header -split given BED12 fmt., extract and concatenate the sequencesfrom the BED "blocks" (e.g., exons) -tab Write output in TAB delimited format. - Default is FASTA format. -s Force strandedness. If the feature occupies the antisense, strand, the sequence will be reverse complemented. - By default, strand information is ignored. -fullHeader Use full fasta header. - By default, only the word before the first space or tab is used.
其中-fi 指定基因组fasta文件，-bed 指定要提取序列的位置文件，可以是bed、gff 或 vcf 文件（染色体碱基位置从0开始计数）。
-tab 指定输出格式。
$bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed >CM004359.1:0-10 gtttagggtt >CM004359.1:100-200 ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt >CM004359.1:1000-1050 TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT $bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed -tab CM004359.1:0-10 gtttagggtt CM004359.1:100-200 ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt CM004359.1:1000-1050 TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT
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