本站教程收集整理的这篇文章主要介绍了R EnvironmentError：在路径上找不到Ghostscript. RWebLogo，本站教程本站觉得挺不错的，现在分享给大家，也给大家做个参考。
我碰到了一个奇怪的问题,我无法以任何方式解决这个问题,我希望有人能够更好地理解这些错误;
我无法使用RWeblogo包 – 甚至运行最简单的示例,因为同样缺少Ghostscript错误.
例如运行：
library(RWeblogo)
aln <- c('CCAACCCAA','CCAACCCTA','AAAGCCTGA','TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln,file.out='mylogo.pdf')
抛出此错误：
TraceBACk (most recent call last):
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/resources/library/RWeblogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo",line 71,in <module>
weblogolib._cli.main()
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/resources/library/RWeblogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py",line 82,in main
formatter(data,format,opts.fout)
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/resources/library/RWeblogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py",line 757,in pdf_formatter
gs = GhostscriptAPI()
File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/resources/library/RWeblogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py",line 196,in __init__
raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path
我在终端中安装了ghostscript ver 9.15 with configure / make / install,然后将PATH添加到bash配置文件并执行它.当我在终端中运行gs时,它可以工作,确认它已设置为系统路径,但仍然会出现相同的错误.即使重启后也是如此.
我尝试将gs直接添加到R中的环境中：
Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")
这也没有帮助…给出完全相同的错误.当我搜索R环境时,它显示gs在那里.
重要版本信息：
@H_54_5@mAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit);
RWeblogo_1.0.3
您是否知道可能导致此问题的任何问题？我是编程的新手,所以我担心我可能会遗漏一些基本的东西.我会很感激任何建议.谢谢！
我与RWeblogo的作者Omar取得了联系,他在确定我的问题并解决问题方面非常有帮助.
首便宜美国vps先,他建议在终端上的测试序列上运行RWeblogo：
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/resources/library/RWeblogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o~ / Desktop / out.pdf -F pdf
将上面脚本中的基本目录(extdata / weblogo之前的所有内容…)更改为R中给出的以下命令：
system.file(package = 'RWeblogo')
我跑了它并得到一个新的错误：缺乏numpy.我实际安装了numpy但没有完全的用户权限.重新安装numpy后,RWeblogo从终端成功运行.
不过,Rstudio正在抛出一个GhostScript错误. Omar建议在Yosemite上运行较旧版本的Rstudio存在问题(我目前有10.10.1),并向我发送了一个更新的Rstudio版本的链接,其中修复了问题.
http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/
我得到了更新的Rstudio,现在一切都很好.希望这可以帮助有类似问题的人！
本站总结
以上是本站教程为你收集整理的R EnvironmentError：在路径上找不到Ghostscript. RWebLogo全部内容，希望文章能够帮你解决R EnvironmentError：在路径上找不到Ghostscript. RWebLogo所遇到的程序开发问题。
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