本篇内容介绍了“基于perl怎么提取基因家族内的串联重复基因对”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！
基于MCScanX串联重复分析结果中的tandem文件，提取属于特定基因家族内的串联重复基因对。
脚本文件名
get_tandem_gene.pl ，运行命令为：
perl get_tandem_gene.pl -id hqs.id -tandem ganlan.tandem -name hqs -od ./
命令解释：
get_tandem_gene.pl脚本文件名，最后写明全路径
-id 输入基因家族基因id，文件格式如下：
Bol014029 Bol014986 Bol021982 Bol023208 Bol005493 Bol008082 Bol021317 Bol021325 Bol033054 Bol033162
-tandem 输入MCScan的串联重复结果文件tandem( , 分隔），文件格式如下：
Bol004372,Bol004373 Bol004375,Bol004376 Bol004405,Bol004406 Bol004463,Bol004462 Bol004492,Bol004491 Bol004611,Bol004612 Bol004624,Bol004625 Bol004632,Bol004633 Bol004672,Bol004673 Bol004680,Bol004681
-name 输出文件名前缀
-od 输出路径
输出文件格式如下（\t 分隔）：
Bol026623 Bol026622 Bol038386 Bol038387 Bol044343 Bol044344
全部perl 脚本内容如下：
use Data::Dumper;
use Getopt::Long;
use strict;
use Cwd qw(abs_path getcwd);
my %opts;
GetOptions (\%opts,"id=s","tandem=s","od=s","name=s");
my $od=$opts{od};
$od||=getcwd;
$od=abs_path($od);
unless(-d $od){ mkdir $od;}
my $gene;
my @info;
my %hashG;
open (IN,"$opts{id}") || die "open $opts{id} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
@info=split(/\s+/,$_);
$gene=$info[0];
$hashG{$gene}=$gene;
}
close(IN);
my $Agene;
my $Bgene;
open(OUT,">$od/$opts{name}.tandem")||die "open $od/$opts{name}.tandem failed\n";
open (IN,"$opts{tandem}") || die "open $opts{tandem} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
@info=split(/,/,$_);
$Agene=$info[0];
$Bgene=$info[1];
if(exists $hashG{$Agene} && exists $hashG{$Bgene}){
print OUT $Agene."\t".$Bgene."\n";
}
}
close(IN);
close(OUT);
“基于perl怎么提取基因家族内的串联重复基因对”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注云搜网网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！
